病原生物学系由前微生物学教研室（1952年成立）、人体寄生虫学教研室（1952年成立）和感染免疫研究室（前钩体病研究室，1958年成立）于2019年组建而成，是学院全面推行院系改革，提升本科教学质量及学科建设的首个建设目标。系里现有教授/研究员5人，副教授/副研究员5人，讲师/助理研究员5人，其中博士生导师3名，硕士生导师5名，卫生部有突出贡献中青年专家1人，四川省学术带头人1人，四川省有突出贡献科技专家2人。

教学工作始终是系里工作的重点，在微生物及寄生虫教学内容、教材建设等方面都开展了卓有成效的工作。系里目前承担了包括来华留学生在内的医学各专业、各学制《医学微生物学》、《人体寄生虫学》和《病原生物学实验》等课程，其中《医学微生物学》为四川省及金沙2004路线js5精品课程；开设了研究生课程《现代微生物学》和《临床微生物学》；主编了包括《医学微生物学》、《微生物学与免疫学》、《人体寄生虫学》在内的多本“十一五”、“十二五”国家级规划教材。系里多人次获得金沙2004路线js5“课堂教学质量优秀奖”、“探究式-小班化”教学质量优秀奖、“课程思政榜样课程”。

病原生物学系在病原体致病机制、机体抗感染免疫机制研究及诊断、预防及治疗产品研发等领域取得了卓越的成绩，承担了包括国家“863计划”项目、国家“973计划”项目、科技部传染病重大专项等重大研究项目，曾获国家科技进步三等奖2项，教育部技术发明一等奖1项，其他省部级奖励10余项。近五年获国家传染病重大专项、国家自然科学基金、教育部、卫生部及四川省科技厅等多个项目支持，在传染病领域发表高质量SCI论文40余篇，培养博士研究生25名，硕士研究生20名，毕业生分布在国内外高校、医院及公共卫生系统从事传染病预防、诊断及科研工作。

作为院系改革的首个推进单位，我系目前已建设了生物安全二级（负压，P2+）实验室；系里大力推动人才引进，持续在病原致病、耐药机制及机体抗感染免疫机制，病原诊断、疫苗及药物研发等领域开展深入的研究，旨在建设国内一流的感染免疫研究中心，为国家重大突发、再发传染病的防治提供科研支撑，同时为国家公共卫生部门培养具有生物安全资质的人才，协助我国生物安全体系的建设。