1910年，由英国、美国和加拿大等5教会在四川成都华西坝上建立了华西协合大学，生物化学与分子生物学教研室的创始时期——华西协合大学生物化学系就是在这样的历史背景下成立的。

首任系主任是加拿大人Cornier博士。在我国生物化学界的先驱者、著名生物化学家蓝天鹤教授的领导下，本学系取得长足发展。1947年在生物化学系的基础上创建了当时中央政府批准并登报告示的国内第一个生物化学研究所，在国内外享有较高的声誉，也为我国早期的生物化学事业培养了人才。

解放后在全国院系大调整时期，原生物化学研究所被撤销，留下部分人员成立四川金沙2004路线js5生物化学教研室，另外一部分学术骨干调往国内其它高校或研究所，教研室不仅为新中国全国高等教育事业和生物化学事业的发展做出了自己的贡献，自身也得到了蓬勃的发展，成为一个有较大影响的生物化学学术机构，是我国首批博士及硕士学位授权学科之一，蓝教授是首批博士生导师。20世纪50～60年代在蓝天鹤、张玉钿、徐仲吕等教授，特别是70～90年代在刘秉文、傅继梁、孙芝琳，陈俊杰、陈曼玲、刘柏林、傅明德，蔡桂英等教授以及全体工作人员共同努力下，取得了显著成绩。

教研室现有教师14人，实验技术人员1人。教师中12人有在发达国家学习1年以上的经历。教授（研究员）6人，副教授（副研究员）4人，高级实验师1人，讲师2人，专职博士后（助理研究员）2人；其中博导兼硕导6人，硕导4人。所有教师均具有博士学位，都能进行双语教学和全英语教学。通过培养、选拔、引进等多种方式，已逐步建成一支年龄、知识结构合理、学术水平高、教学经验丰富、充满活力而又相对稳定的师资队伍。

作为国家级一流课程和省级精品课程和精品资源共享课程单位，教研室每年承担大量的教学任务，包括八年制、七年制、五年制、四年制本科生的“生物化学”、“分子生物学”及金沙2004路线js5核心通识课程“医学史：健康、制度与文化”的大课讲授及相关实验课的教学任务。还为全校博士研究生、硕士研究生开设“医学分子生物学”、 “分子生物学概论”等课程的理论课讲授和实验教学工作。2019年~2022年连续四个年度均获华西基法学院先进集体奖。近5年教师获四川省级、校级、院级教学奖共30余人次。出版主编教材11本，参编教材21本；发表教学教改论文10余篇。作为我国首批博士和硕士学科培养点之一，教研室迄今已培养博士研究生70余名，硕士研究生近200名，现有在读研究生33名，其中博士生15名，硕士生18名。

教研室现有“肿瘤分子细胞生物学与临床前应用研究”、“动脉粥样硬化相关基因研究”；“心脑血管病分子机制”；“DNA损伤修复与衰老、肿瘤发生机制研究”；“肿瘤细胞增殖与凋亡”；“生物传感技术、蛋白质生物工程、肿瘤基因诊断、生化检测方法研究”；“基因诊断与基因治疗”；“白血病发病及耐药性分子机制，核仁应激在肿瘤发生发展与肿瘤治疗中的作用机制”等科研方向。近年来获国家自然科学基金、四川省重点科研基金、四川省面上项目科研基金、国际合作基金、成都市科技局基金及金沙2004路线js5校、院基金等多项研究基金支持。